Pondok pesantren modern merapkan sistem pendidikan boarding atau full day system. Artinya siswa yang nyantri di lembaga tersebut selalu dibimbing oleh wali asuh / para ustadz yang tinggal bersamanya. Dengan begitu maka kekhawatiran dari terjadinya pergaulan bebas, terjerumus pada narkoba, dan bahkan ancaman lain dari pergaulan luar dapat dihindari.

Metode dan pendekatan pendidikan yang diterapkan di pesantren modern sekarang ini telah menggunakan pendidikan formal, baik itu SD, SMP, MTs, SMA, MA Plus pesantren. Di malam harinya diisi dengan kegiatan bimbingan pembentukan mental melalui cara belajar kelompok dibimbing para Ustadz.